Ich gehe davon aus, dass du den oberen USB neben dem MediaNav benutzt hast.
Bei mir funktioniert es immer. Ich habe das Handy angeschlossen, öffne die App, gehe im MN auf Navi, Menü etc und wähle Update mit dem Smartphone. Dann dauert es etwas und der Check beginnt.
Mögliche Fehlerquelle...